最近在折腾一件事：构建一个知识库。

起因是这样，我记得有篇论文讲多模板提示，想找出来再看一遍，但想不起标题。我的 Zotero 虽然按分类整理了，可还是得挨个打开 PDF 翻，挺耗时间的。

所以我想换个做法，把每篇论文的关键信息抽出来，存成结构化的笔记，再让 AI 连上这些笔记。以后想问什么，直接搜自己的知识库就行，不用靠记忆去猜。

0. 工具准备

这套流程主要用到三个工具。

• Zotero：按照目录和标签管理论文 PDF；

• Obsidian：保存精读笔记、模板、索引页和素材；

• Codex：读取 Zotero 中的论文，按照 Obsidian 中编写的模板生成笔记，再基于 Obsidian 中的笔记回答问题。

1. 初步设置 Obsidian 仓库

(1) 先在 Obsidian 里新建一个仓库，比如叫 Research Board。 然后建几个文件夹：

• notes：放精读后的论文笔记；

• templates：放精读模板；

• indexs：放论文索引页。

(2) 在 templates 里新建一个精读模板 paper-template.md，后面 Codex 精读论文时就按会这个模板来写。

精读模板可以根据自己的阅读习惯整理，这里我举个例子：

想要这个例子的可以不用手敲，在这里领取：
把论文变成可提问的科研知识库：Zotero + Obsidian + Codex 联动教程

2. 整理 Zotero 的论文

Zotero 这边主要做两件事：

• 上传文献；

• 利用文件夹和标签管理文献。

这里不建议把所有论文都堆在一个文件夹里。后面让 Codex 批量处理时，文件夹越清楚，指定范围就越方便。

3. 设置 Codex

(1) 打开 Codex，进入 Obsidian 仓库所在的文件夹。忘记仓库位置也没关系，Obsidian 左下可以查看路径。

(2) 然后安装两个相关 Skills：

• Zotero Analytical Workflow Skills: 用来从 Zotero 里读取论文并生成精读笔记。

• Research Board Literature Retrieval Skill: 用来检索 Obsidian 中已经整理好的论文笔记，并基于这些笔记回答问题。

这一步完成后，Zotero、Obsidian 和 Codex 就连起来了。

4. 精读论文

(1) 批量精读 Zotero 整个目录中的论文，可以告诉 Codex 目录名，Codex 会自动按模板处理并整理到 Obsidian 对应目录中：

(2) 也可以精读某篇论文，告诉 Codex ：

请处理 Zotero 中 “[目录名]” 目录下的论文 “[DPF名称]”。

4. 安装 Obsidian 插件 Dataview

Dataview 可以读取每篇笔记开头的属性并且创建索引页，形成你的科研知识库。

(1) 在设置中的第三方插件中搜索 Dataview；

(2) 找到后安装，点击启用。

5. 基于知识库提问

(1) 等 notes 里有了一批结构比较统一的笔记，就可以让 Codex 基于这些内容回答问题。这里我举个例子，当然也可以问的更具体一点。

(2) 等某个方向积累到一定数量，再让 Codex 基于 notes 做主题总结、方法比较或相关工作提纲。

总结

以前用 Zotero 只是存论文，存完怎么用基本靠标签和脑子记。

现在把 Zotero、Obsidian 和 Codex 串起来之后，读过的每篇论文都能变成以后可以直接调用的素材，阅读本身也成了一个持续积累的过程。

本文用到的软件下载地址、模板文件、Skills 安装包和详细步骤，我都打包好了。在这里领取：

把论文变成可提问的科研知识库：Zotero + Obsidian + Codex 联动教程