源代码：

expr <- read.table("tpms01A_log2.txt", sep = "\t",row.names = 1,check.names = F,header = T)
expr<-as.matrix(expr)#转换为矩阵
gsva_data <- gsva(expr,cellMarker, method = "ssgsea")

报错：

> expr<-as.matrix(expr)#转换为矩阵
> #使用ssGSEA量化免疫浸润
> gsva_data <- gsva(expr,cellMarker, method = "ssgsea")
错误: 函数‘gsva’标签‘param = "matrix"’找不到继承方法

改进：

expr <- read.table("tpms01A_log2.txt", sep = "\t",row.names = 1,check.names = F,header = T)
expr<-as.matrix(expr)#转换为矩阵

gsvaPar <- ssgseaParam(exprData = expr, 
                       geneSets = cellMarker,
                       normalize = TRUE)
gsva_data <- gsva(gsvaPar, verbose = FALSE)

成功运行！！！
 

修改来源：ssGSEA中GSVA调用报错的解决方法_calling gsva(expr=., gset.idx.list=., method=., ..-CSDN博客